Vào ngày 11 tháng 1 năm 2006, một tòa án Gruzia đã kết án Arutyunian tù chung thân vì âm mưu ám sát George Bush và Mikheil Saakashvili cũng như giết chết sĩ quan Kvlividze. Vào tháng 9 năm 2005, một bồi thẩm đoàn liên bang Hoa Kỳ cũng đã truy tố Arutyunian và yêu cầu dẫn độ nếu anh ta được thả ra. Arutyunian không đủ điều kiện để được tạm tha, và chỉ có thể được thả theo sự tha thứ của tổng thống,[15] nhưng những ân xá như vậy hầu như không bao giờ xảy ra ở Georgia.[16] Điều này có nghĩa là Arutyunian rất có thể sẽ dành phần còn lại của cuộc đời trong tù. Vào tháng 2 năm 2010, khi đang thụ án, Arutyunian đã chuyển từ Tông đồ Armenia sang Đạo Hồi.[17]